Κατά τη διάρκεια των αρχαίων χρόνων το νησί είχε καταλυτικό ρόλο στους Περσικούς πολέμους. Το 480 π. Χ. ο στόλος του Πέρση βασιλιά Ξέρξη χτυπήθηκε από καταιγίδα και έπεσε πάνω στα βράχια της Σκιάθου. Στη συνέχεια ο Ελληνικός στόλος, ηττήθηκε στο Αρτεμίσιο, αλλά τελικά κατάφερε να καταστρέψει τον περσικό στόλο στη μάχη της Σαλαμίνας.

Η Σκιάθος παρέμεινε στην Δηλιακή συμμαχία μέχρι που έχασε την ανεξαρτησία της. Η πόλη καταστράφηκε ολοσχερώς από τον Φίλιππο τον 2ο το 200 π. Χ.
Κατά τη διάρκεια των μέσων χρόνων το νησί λεηλατήθηκε επανειλημμένα από πειρατικές επιδρομές. Το 1207 οι αδελφοί Γκύζη, έμποροι από την Βενετία κατέλαβαν το νησί και έχτισαν το Μπούρτζι, ένα μικρό ενετικό κάστρο παρόμοιο με αυτό του Ναυπλίου σε μια βραχονησίδα λίγο έξω από την πόλη της Σκιάθου για να προστατέψει την πρωτεύουσα από τους πειρατές. Όμως το Μπούρτζι αποδείχθηκε αναποτελεσματικό να προστατεύσει τον πληθυσμό και έτσι στα μέσα του 14ου αιώνα οι κάτοικοι μετέφεραν την πρωτεύουσα από το σημείο που ήταν, στο Κάστρο , σε έναν απότομο βράχο με θέα την θάλασσα στο βορειότερο άκρο του νησιού. Το Κάστρο παρέμεινε ο μοναδικός οικισμός του νησιού μέχρι το τέλος της Ελληνικής Επανάστασης, οπότε η πρωτεύουσα του νησιού μεταφέρθηκε στην αρχική της θέση όπου βρίσκεται μέχρι σήμερα.

Το 1704 μοναχοί από τον Άθω ίδρυσαν το μοναστήρι της Ευαγγελίστριας, το οποίο διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στον απελευθερωτικό αγώνα και αποτέλεσε καταφύγιο για τους Έλληνες επαναστάτες κατά τον αγώνα για Ανεξαρτησία. Σύντομα η Σκιάθος ένωσε τις δυνάμεις της με εκείνους που πολεμούσαν για την ανεξαρτησία. Εκείνη την περίοδο, είχε ένα σεβαστό αριθμό καλά εξοπλισμένων πλοίων με εκπαιδευμένο και έμπειρο πλήρωμα. Όταν οι απελευθερωτικές τους προσπάθειες απέτυχαν, πολλοί βρήκαν καταφύγιο στην Σκιάθο. Αυτή η αθρόα εισροή πληθυσμού δημιούργησε αρκετά προβλήματα, καθώς στέγη και τροφή ήταν σε ανεπάρκεια. Το νησί μαστιζόταν για χρόνια από βιαιοπραγίες και λεηλασίες.

Το 1823 οι Τούρκοι προσπάθησαν να καταλάβουν εκ νέου το νησί, αλλά απέτυχαν. Το 1829, μετά την υπογραφή του Πρωτοκόλλου του Λονδίνου, οι κάτοικοι της Σκιάθου εγκατέλειψαν το Κάστρο και εγκαταστάθηκαν στο λιμάνι, όπου βρισκόταν η αρχαία πόλη της Σκιάθου.
Η Σκιάθος ανεξαρτητοποιήθηκε επίσημα με την υπογραφή νέου Πρωτοκόλλου το 1830. Με αυτό το πρωτόκολλο παραχωρήθηκαν στο Ελληνικό έθνος - εκτός των άλλων περιοχών - τα νησιά των Σποράδων, Σκιάθος, Σκόπελος και Αλόννησος. Μετά την απελευθέρωσή της, η ναυτιλία στη Σκιάθο άκμασε και συνέχισε να αναπτύσσεται μέχρι το 1930.

Κατά τη διάρκεια του 19ου αιώνα η Σκιάθος έγινε ένα σημαντικό ναυπηγείο στο Αιγαίο λόγω της αφθονίας σε πεύκα. Τα πευκοδάση του νησιού τότε κινδύνευσαν με αφανισμό. Αυτό οδήγησε στην προσωρινή διακοπή των εργασιών, λόγω της επείγουσας ανάγκης για ατμόπλοια. Ένα μικρό ναυπηγείο υπάρχει ακόμη βόρεια της πόλης της Σκιάθου, που φτιάχνει παραδοσιακά ελληνικά καΐκια.

Το 1964 η Σκιάθος ανακηρύχθηκε από τον Ελληνικό Εθνικό Οργανισμό Τουρισμού αναπτυσσόμενη ζώνη τουρισμού. Τα αποτελέσματα αυτής της απόφασης έχουν προκαλέσει τεράστιες αλλαγές στο νησί από τότε, λόγω της εκπόνησης τουριστικών έργων. Αυτά περιλαμβάνουν την κατασκευή ενός παραλιακού δρόμου από την πόλη της Σκιάθου προς τις Κουκουναριές, την κατασκευή του αεροδρομίου της Σκιάθου το 1984 καθώς και το χτίσιμο της πρώτης ξενοδοχειακής μονάδας στην παραλία Κουκουναριές. Κατά μήκος της παραλιακής ζώνης έχουν χτιστεί πολλά ξενοδοχεία από τότε που το νησί έγινε ένας σημαντικός τουριστικός προορισμός.